Új fegyver a tuberkulózis diagnosztizálásához és a gyógyszerrezisztencia -kimutatáshoz: új generációs célzott szekvenálás (TNG), a tuberkulózis túlérzékenységi diagnózisának gépi tanulásával kombinálva
Irodalmi jelentés: CCA: A TNG -k és a gépi tanuláson alapuló diagnosztikai modell, amely kevésbé baktériumok tuberkulózisával és tuberkulózus meningitisben szenvedő emberek számára alkalmas.
Az értekezés címe: Tuberkulózus-célzott következő generációs szekvenálás és gépi tanulás: ultraérzékeny diagnosztikai stratégia a paucfican pulmonáris tubulusok és a cső alakú meningitis számára.
Periodikus: 《Clinica Chimica Acta》
Ha ： 6.5
A közzététel dátuma: 2024 január
A Makro- és mikro-tesztet létrehozott egy tuberkulózis diagnózis modellt létrehozott a Kínai Tudományos Akadémia Egyetemi Tudományos Akadémia és a Pekingi Kellékkórház, a Makro és a MICRO-TEST létrehozása során. A tuberkulózis detektálási érzékenysége kevés baktériummal és tuberkulózus meningitissel, új túlérzékenységi diagnosztikai módszert adott a kétféle típusú klinikai diagnosztizáláshoz A tuberkulózis, és elősegítette a tuberkulózis pontos diagnosztizálását, a gyógyszerrezisztencia kimutatását és kezelését. Ugyanakkor kiderül, hogy a beteg plazma cfDNS -je megfelelő mintát használható klinikai mintavételhez a TBM diagnosztizálásában.
Ebben a tanulmányban 227 plazmamintát és cerebrospinális folyadékmintát használtunk két klinikai kohorsz létrehozására, amelyekben a laboratóriumi diagnosztikai kohorszmintákat használták a tuberkulózis diagnosztizálásának gépi tanulási modelljének meghatározására, és a klinikai diagnosztikai kohorszmintákat használták a megállapított meghatározottak igazolására. Diagnosztikai modell. Az összes mintát először egy speciálisan célzott, célzott elfogó szonda -medence célozta meg a Mycobacterium tuberculosis számára. Ezután a TB-TNGS szekvenálási adatok alapján a döntési fa modelljét ötszörösére használják a laboratóriumi diagnosztikai sor edzési és validációs halmazain, valamint a plazmaminták és a cerebrospinalis folyadékminták diagnosztikai küszöbértékeit. A kapott küszöböt két tesztkészletbe helyezik a klinikai diagnosztikai sorba a kimutatáshoz, és a tanuló diagnosztikai teljesítményét ROC -görbe értékeli. Végül megkaptuk a tuberkulózis diagnosztikai modelljét.
1. ábra a kutatás tervezésének vázlatos diagramja
Eredmények: A CSF DNS -minta (AUC = 0,974) és a plazma CFDNS minta (AUC = 0,908) specifikus küszöbértékei szerint ebben a tanulmányban a 227 minta közül a CSF -minta érzékenysége 97,01%volt, a specifitás 95,65%volt, és és és A plazma mintájának érzékenysége és specifitása 82,61% és 86,36% volt. A TBM -betegek 44 párosított mintájának és cerebrospinális folyadék -DNS -jének elemzésében ennek a tanulmánynak a diagnosztikai stratégiája nagy konzisztenciája 90,91% (40/44) a plazma cfDNS -ben és a cerebrospinalis folyadék DNS -ben, és az érzékenység 95,45% -a 95,45%. (42/44). A pulmonális tuberkulózisban szenvedő gyermekeknél a tanulmány diagnosztikai stratégiája érzékenyebb a plazmamintákra, mint az ugyanazon betegektől származó gyomorlé -minták XPert detektálási eredményei (28,57% vs 15,38%).
2. ábra A tuberkulózis diagnózis modelljének elemzési teljesítménye a populációmintákhoz
3. ábra A párosított minták diagnosztikai eredményei
Következtetés: Ebben a tanulmányban meghatározták a tuberkulózis túlérzékeny diagnosztikai módszerét, amely diagnosztikai eszközt nyújthat a legmagasabb detektálási érzékenységgel az oligobacillary tuberkulózisban szenvedő klinikai betegeknél (negatív tenyészet). A plazma cfDNS -en alapuló túlérzékeny tuberkulózis kimutatása megfelelő minta lehet az aktív tuberkulózis és a tuberkulózus meningitis diagnosztizálására (a plazmaminták könnyebben gyűjthetők, mint az agyi tuberkulózisban gyanúsított betegek cerebrospinális folyadéka).
Eredeti link: https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/s0009898123004990? A%3Dihub -on keresztül
A makró és a mikro-teszt tuberkulózis sorozat detektáló termékeinek rövid bevezetése
Tekintettel a tuberkulózisos betegek bonyolult mintahelyére és a különféle igényekre, a Macro & Mikro-teszt teljes NGS-oldatokat biztosít a cseppfolyósító extrakcióhoz köpetmintákból, a Qualcomm könyvtár felépítéséből és szekvenálásából, valamint az adatok elemzéséből. A termékek lefedik a tuberkulózisos betegek gyors diagnosztizálását, a tuberkulózis gyógyszerrezisztenciájának kimutatását, a mycobacterium tuberculosis és az NTM tipizálását, a baktérium-negatív tuberkulózis és tuberkulózus emberek túlérzékenységi diagnózisait, stb.
Soros detektáló készletek a tuberkulózishoz és a mycobacteria -hoz:
| Tétel nem | terméknév | Termékvizsgálati tartalom | mintatípus | alkalmazható modell |
| HWTS-3012 | Minta kioldószer | A köpetminták cseppfolyósító kezelésében használt első osztályú rekordszámot, a Sutong Machinery Equipment 20230047-et kapott. | köpet | |
| HWTS-NGS-P00021 | Qualcomm mennyiségérzékelő készlet túlérzékeny tuberkulózishoz (szonda elfogási módszer) | Nem invazív (folyékony biopszia) túlérzékenységi kimutatás a baktérium-negatív pulmonális tuberkulózis és az agyi csomók számára; A tuberkulózissal vagy a nem tuberkulózis mycobacteria-val fertőzött emberek mintáit nagymértékű szekvenáló metagenomikával elemeztük, és a tuberkulózis vagy a nem tuberkulózis mycobacteria detektálási információit fertőzték-e, és a mycobacterium tuberculosis tuberkulózisának fő első sorrendű gyógyszer-rezisztenciájának adatait. biztosították. | Perifériás vér, alveoláris mosási folyadék, hidrothorax és ascites, fókusz punkciós minta, cerebrospinális folyadék. | Második generáció |
| HWTS-NGS-T001 | Mycobacterium gépelés és gyógyszerrezisztencia detektáló készlet (multiplex amplifikációs szekvenálási módszer) | Mycobacterium gépelési teszt, beleértve az MTBC -t és a 187 NTM -t；A Mycobacterium tuberculosis gyógyszerrezisztencia -kimutatása 13 gyógyszert és 16 mag mutációs helyét fedi le a gyógyszerrezisztencia géneknek. | Köpet, alveoláris mosási folyadék, hidrothorax és ascites, fókusz punkciós minta, cerebrospinális folyadék. | Második/harmadik generációs kettős platform |
KIVÁLASZTÁSOK: HWTS-NGS-T001 Mycobacterium typing és gyógyszerrezisztencia-detektáló készlet (multiplex amplifikációs módszer)
Termék Bevezetés
A termék a WHO TB kezelési irányelveiben, makrolidokban és aminoglikozidokban ismertetett első és második soros gyógyszereken alapul. Ki a mycobacterium tuberculosis komplex mutációs katalógus, valamint más bejelentett gyógyszer -rezisztencia gének és mutációs helyek a Magas pontszámú irodalom otthon és külföldön.
A gépelés azonosítása az NTM törzseken alapul, amelyeket az NTM irányelveiben foglaltak össze, amelyet a Kínai Journal of Tuberculosis and Légzési Betegségek, valamint a szakértők konszenzusa tett közzé. A tervezett gépelési primerek több mint 190 NTM fajt amplifikálhatnak, szekvenálhatnak és kommentálhatnak.
A megcélzott multiplex PCR amplifikációs technológián keresztül a Mycobacterium genotipizáló génjeit és gyógyszer-rezisztens génjeit multiplex PCR-rel amplifikáltuk, és a kimutatandó célgének amplikon kombinációját kaptuk. Az amplifikált termékek felépíthetők második generációs vagy harmadik generációs, nagy áteresztőképes szekvenáló könyvtárakba, és az összes második generációs és harmadik generációs szekvenálási platform nagy mélységű szekvenálásnak vethető alá, hogy megszerezzük a célgének szekvenciainformációit. Összehasonlítva a beépített referencia-adatbázisban szereplő ismert mutációkkal (beleértve a WHO Mycobacterium tuberculosis komplex mutációs katalógusát és a gyógyszerrezisztenciával való kapcsolatát), a gyógyszerrezisztenciával vagy a tuberkulózis elleni gyógyszerek érzékenységével kapcsolatos mutációkat. A makro- és mikro-teszt öngyilkos köpetminta-kezelési oldatával kombinálva a klinikai köpetminták alacsony nukleinsav-amplifikációs hatékonyságának problémáját oldottuk meg (a hagyományos módszereknél tízszer magasabb), így a gyógyszerrezisztencia szekvenálásának kimutatása lehet. közvetlenül alkalmazzák a klinikai köpetmintákra.
Termékérzékelő tartomány
34gyógyszerrezisztenciával kapcsolatos gének18tuberkulózisellenes gyógyszerek és6NTM gyógyszereket fedeztek fel, lefedve297gyógyszerrezisztencia helyek; Tíz fajta Mycobacterium tuberculosis és több, mint190Az NTM fajtáit észlelték.
1. táblázat: 18+6 gyógyszer információja+190+NTM
Termék előnye
Erős klinikai alkalmazkodóképesség: A köpetminták közvetlenül detektálhatók az ön-liquaction ágenssel tenyészet nélkül.
A kísérleti művelet egyszerű: az amplifikációs művelet első fordulója egyszerű, és a könyvtár felépítése 3 órán belül befejeződik, ami javítja a munka hatékonyságát.
Átfogó gépelés és gyógyszerrezisztencia: Az MTB és az NTM tipizációs és gyógyszeres rezisztencia helyeinek lefedése, amelyek a klinikai aggályok kulcsfontosságú pontjai, a pontos tipizálás és a gyógyszerrezisztencia -észlelés, a független elemző szoftver támogatása és az elemzési jelentések létrehozása egy kattintással.
Kompatibilitás: Termékkompatibilitás, alkalmazkodva a mainstream ILM és az MGI/ONT platformokhoz.
Termék -specifikáció
| Termékkód | terméknév | Érzékelő platform | előírások |
| HWTS-NGS-T001 | Mycobacterium typing és gyógyszerrezisztencia detektáló készlet (multiplex amplifikációs módszer) | Ont 、 Illumina 、 mgi 、 salus pro | 16/96rxn |
A postai idő: január-23-2024