Új fegyver a tuberkulózis diagnosztizálására és a gyógyszerrezisztencia kimutatására: új generációs célzott szekvenálás (tNGS) gépi tanulással kombinálva a tuberkulózis túlérzékenységi diagnosztikájában
Irodalmi beszámoló: CCa: tNGS-en és gépi tanuláson alapuló diagnosztikai modell, amely kevésbé bakteriális tuberkulózisban és tuberkulózisos agyhártyagyulladásban szenvedők számára alkalmas.
A szakdolgozat címe: Tuberkulózisra célzott új generációs szekvenálás és gépi tanulás: ultra-érzékeny diagnosztikai stratégia paucific pulmonalis tubularis és tubuláris meningitis esetén.
Folyóirat: 《Clinica Chimica Acta》
HA: 6.5
Megjelenés időpontja: 2024. január
A Kínai Tudományos Akadémiával és a Pekingi Mellkasi Kórházzal együtt a Macro & Micro-Test létrehozta a tuberkulózis diagnosztizálási modelljét, amely a célzott szekvenálás (tNGS) technológia és a gépi tanulási módszer új generációján alapul, amely ultramagas teljesítményt nyújtott. kimutatási érzékenység a kevés baktériummal járó tuberkulózisra és a tuberkulózisos agyhártyagyulladásra, új túlérzékenységi diagnosztikai módszert nyújtott kétféle tuberkulózis klinikai diagnosztizálására, valamint segítette a tuberkulózis pontos diagnosztizálását, gyógyszerrezisztencia kimutatását és kezelését.Ugyanakkor azt találták, hogy a páciens plazma cfDNS-e megfelelő mintatípusként használható klinikai mintavételhez a TBM diagnosztikájában.
Ebben a vizsgálatban 227 plazmamintát és liquormintát használtak fel két klinikai kohorsz felállítására, amelyekben a laboratóriumi diagnosztikai kohorsz mintákat használták fel a tuberkulózis diagnózisának gépi tanulási modelljének felállítására, a klinikai diagnosztikai kohorsz mintákat pedig a megállapítottak igazolására. diagnosztikai modell.Minden mintát először a Mycobacterium tuberculosis számára speciálisan megtervezett, célzott befogószonda pool vette célba.Ezután a TB-tNGS szekvenálási adatok alapján a döntési fa modellel 5-szörös keresztvalidációt hajtanak végre a laboratóriumi diagnosztikai sor betanító és validációs készletein, és megkapják a plazmaminták és a gerincvelői folyadékminták diagnosztikai küszöbértékeit.A kapott küszöbértéket a klinikai diagnosztikai sor két tesztkészletébe helyezik kimutatásra, és a tanuló diagnosztikai teljesítményét a ROC görbe segítségével értékelik.Végül megkaptuk a tuberkulózis diagnosztikai modelljét.
1. ábra a kutatás tervezésének sematikus diagramja
Eredmények: A jelen vizsgálatban meghatározott CSF DNS minta (AUC = 0,974) és plazma cfDNS minta (AUC = 0,908) specifikus küszöbértékei szerint 227 minta közül a CSF minta érzékenysége 97,01%, specificitása 95,65%, ill. a plazmaminta szenzitivitása és specificitása 82,61% és 86,36% volt.A TBM-betegekből származó plazma cfDNS és liquor DNS 44 párosított mintájának elemzése során a jelen tanulmány diagnosztikai stratégiája magas, 90,91%-os (40/44) konzisztenciával rendelkezik a plazma cfDNS-ben és a cerebrospinális folyadék DNS-ében, az érzékenység pedig 95,45%. (42/44).Tüdőtuberkulózisban szenvedő gyermekeknél ennek a vizsgálatnak a diagnosztikai stratégiája érzékenyebb a plazmamintákra, mint az ugyanazon betegektől származó gyomornedvminták Xpert kimutatási eredményei (28,57% VS 15,38%).
2. ábra A tuberkulózis-diagnosztikai modell elemzési teljesítménye populációs mintákon
